Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή εκφράζει τη βαθιά της λύπη για την απόφαση του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου να ζητήσει γνωμοδότηση από το Δικαστήριο της Ευρωπαϊκής Ένωσης σχετικά με τη συμφωνία Mercosur. Σε ανακοίνωσή της, η Κομισιόν τονίζει ότι η απόφαση αυτή έρχεται σε μια περίοδο κατά την οποία οι παραγωγοί και οι εξαγωγείς της ΕΕ χρειάζονται επειγόντως πρόσβαση σε νέες αγορές, και η ΕΕ οφείλει να υλοποιήσει την ατζέντα διαφοροποίησής της, αποδεικνύοντας ότι παραμένει αξιόπιστος και προβλέψιμος εμπορικός εταίρος.
Κατά την άποψη της Επιτροπής, τα τρία ερωτήματα που εγείρονται στην πρόταση του Ευρωπαϊκού Κοινοβουλίου σχετικά με τη συμφωνία είναι αδικαιολόγητα. Η Επιτροπή έχει ήδη εξετάσει εκτενώς αυτά τα ζητήματα με το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, επισημαίνοντας ότι δεν είναι νέα και ότι έχουν αντιμετωπιστεί σε προηγούμενες συμφωνίες. Η Επιτροπή θα συνεργαστεί τώρα με το Συμβούλιο και τους ευρωβουλευτές πριν αποφασίσει για τα επόμενα βήματα.
Σχετικά με τη νομική αρχιτεκτονική, οι συμφωνίες διαπραγματεύθηκαν και υπεγράφησαν σύμφωνα με τις διαδικασίες που προβλέπονται από τις Συνθήκες. Οι διαπραγματευτικές οδηγίες του Συμβουλίου της ΕΕ προβλέπουν ρητά μια Ενδιάμεση Συμφωνία για ζητήματα που εμπίπτουν στην αρμοδιότητα της ΕΕ. Η Ευρωπαϊκή Επιτροπή συνεργάστηκε στενά με το Συμβούλιο και το Ευρωπαϊκό Κοινοβούλιο, με πλήρη διαφάνεια, σεβόμενη την κατανομή αρμοδιοτήτων μεταξύ των θεσμικών οργάνων της ΕΕ. Τα Εθνικά Κοινοβούλια θα έχουν τον νόμιμο ρόλο τους σύμφωνα με τις Συνθήκες και τις αντίστοιχες εσωτερικές τους διαδικασίες.
Αναφορικά με τον μηχανισμό καταγγελίας μη παραβίασης, αυτός δεν μπορεί να χρησιμοποιηθεί από τις χώρες της Mercosur για να ασκήσουν πίεση στην ΕΕ ώστε να μην θεσπίσει ή να μην εφαρμόσει νομοθεσία και άλλα μέτρα που επιδιώκουν τους στόχους πολιτικής της. Ο μηχανισμός αποκλείει ρητά κάθε δυνατότητα το πάνελ να ζητήσει από ένα μέρος να τροποποιήσει τα μέτρα του, ακολουθώντας το υφιστάμενο πρότυπο του ΠΟΕ και θέτοντας αυστηρότερες προϋποθέσεις για τη χρήση του.
Τέλος, όσον αφορά την αρχή της προφύλαξης, τα EMPA και ITA δεν θα υπονομεύσουν την εφαρμογή της. Η συμφωνία δεν θα μειώσει τους ελέγχους και τα μέτρα επιθεώρησης των γεωργικών εισαγωγών από τη Mercosur, ούτε θα υπονομεύσει τα αυστηρά υγειονομικά και φυτοϋγειονομικά πρότυπα της ΕΕ, την αρχή της προφύλαξης και την ασφάλεια των Ευρωπαίων καταναλωτών. Αυτό επιβεβαιώνεται τόσο από το κείμενο της συμφωνίας όσο και από τη δήλωση της Επιτροπής σχετικά με τα πρότυπα παραγωγής που εφαρμόζονται στα εισαγόμενα αγροδιατροφικά προϊόντα.